Впечатляющая, но короткая историю варианта «дельтакрон», сочетающего мутации омикрона и дельты. Похоже, его обнаружение — лабораторная ошибка

Откуда взялся дельтакрон?

7 января в издании Cyprus Times вышла заметка, в которой профессор Университета Кипра Леонтиос Кострикис рассказал об обнаружении 25 геномов SARS-CoV-2 варианта дельта, содержащих при этом мутации, характерные для варианта омикрон. Семь характерных для омикрона мутаций были обнаружены в S-белке коронавируса, что дало повод говорить о новом варианте «дельтакрон». В сообщении для Cyprus Times Кострикис также рассказал о повышенной частоте обнаружения такого варианта среди пациентов, которым потребовалась госпитализация.

Статистический анализ результатов молекулярно-эпидемиологического анализа показал, что относительная частота инфицирования штаммами дельтакрон выше среди пациентов, госпитализированных по поводу симптомов заболевания COVID-19, по сравнению с пациентами, которым госпитализация не требовалась. В частности, анализ с использованием теста независимости хи-квадрат показал, что связь между дельтакроном и появлением более тяжелых симптомов болезни COVID-19 (требующих госпитализации) не только не случайна, но и статистически высоко значима (p < 0,001).

За несколько дней информация о «дельтакроне» разлетелась по мировым СМИ.

Как на слова Кострикиса отреагировали другие ученые?

Леонтиос Кострикис довольно известный в своей области вирусолог, специалист по ВИЧ, публикующийся в том числе в The Lancet HIV и имеющий индекс научной активности Хирша выше 40 (что довольно много). Однако новый вариант, о котором он говорит, был обнаружен в одной лаборатории и одним методом. И это само по себе требует крайней осторожности при разговорах о «дельтакроне».

Как указывают многие эксперты, на самом деле появление таких же мутаций в образцах можно объяснить простым лабораторным загрязнением в сочетании с недостатками технологии детекции коронавируса методом ПЦР.

Если это ошибка, а к этому склоняется сейчас большинство экспертов, то возникла она в результате использования неудачной системы чтения геномов SARS-CoV-2 в сочетании с загрязнением образцов другими вариантами вируса.

Что ответил Кострикис?

Кострикис успел ответить на подозрения в лабораторной ошибке в письме Bloomberg. По его словам, данные анализа геномов «указывают на существование эволюционного давления в предковой линии, которое привело к приобретению найденных мутаций, а не на результат единичного события рекомбинации». Это, по мнению Кострикиса, исключает возможность лабораторного загрязнения и указывает на естественное возникновение нового варианта (подробнее об этом ниже).

Однако группа Кострикиса не представила никаких подробностей — ни упомянутого эволюционного анализа последовательностей, ни проверки метода детекции «дельтакрона». Ученым было доступно только несколько геномов, выложенных в международной базе GISAID.

Министр здравоохранения Кипра Михалис Хаджипантел обещал в ближайшие дни провести пресс-конференцию, на которой должны были объявить недостающие подробности. При этом министр говорил, что новый вариант не повод для беспокойства, так как характерное для него сочетание мутаций уже встречалось ранее в образцах SARS-CoV-2 на Кипре.

Но 11 января все последовательности «дельтакрона» были удалены из GISAID самими авторами. Состоится ли теперь пресс-конференция и о чем на ней будут говорить, неясно — скорее всего, на этом история «дельтакрона» и закончится.

Но в будущем подобные гибриды могут появиться на самом деле? И надо ли их бояться?

Георгий Базыкин, профессор Сколтеха:

Те данные, которые есть сейчас, не убеждают меня в том, что эти конкретные образцы — результат рекомбинации. При этом рекомбинация, вообще-то, вполне возможна. Например, раньше довольно убедительно была показана рекомбинация между альфой и дельтой. Но пока рекомбинация не была важным механизмом эволюции SARS-CoV-2. Думаю, это из-за того, что сейчас все варианты этого вируса в общем довольно близки. Если вы заменяете в мозаике один кусочек на другой того же цвета, то у вас не получится ничего радикально нового. Но по мере эволюции кусочки будут становиться все менее похожими друг на друга. И если в человеке или в других видах сохранятся несколько вариантов коронавируса с разной эволюционной историей, которые могут быть источником таких кусочков, — вот тут рекомбинация может стать важной. Именно так, например, появляются радикально новые варианты вируса гриппа.

В исходном сообщении [Кострикиса] было также про избыток якобы рекомбинанта среди госпитальных случаев по сравнению с негоспитальными. Это было бы пугающе, но, во-первых, я не вижу данных и, во-вторых, если это техническая ошибка, то у такой зависимости могут быть технические же причины. Предположение навскидку: у госпитальных инфекций позже относительно начала заболевания берутся образцы, отсюда более высокие Ct и больше вероятность ошибки.